BRT公交车站有很多问题：
1.费用贵：车站本身需要很多架子，建设成本和维护成本都比较贵。另外，还需要一个人值守，也增加了成本。
2.占地面积大：车站面积不可能太小，否则如果人多就塞不小了。当然，如果大了，也就浪费了。普通车站则不太会有这种问题，人多了边上也可以站。
3.车费比较贵：夏天的进站车票好像是4元，而一般车辆的车站是3元。其他时间不清楚。
4.安全问题：由于车费贵，有些人就不愿意进站上车，而是在站外直接上车。这样容易引起混乱，也容易引起安全事故。
5.对乘客造成一些不方便：比如，如果进站后又不想乘车了，那么费用是无法退回的，很不方便。

BRT的一个好处是“同站免费换乘”。这个问题可以通过其他技术手段解决。假如乘客使用IC卡，那么第一次刷卡后，卡中可以记录一些信息，比如上车时间，车次，甚至是当前站名。那么换乘的时候，第二辆车的刷卡机可以通过卡中的第一次乘车信息，来决定优惠。比如在一定时间内，某些车辆之间可以免费，或者给额外的优惠。这种方式也比单纯的“同站免费换乘”灵活很多。